按物料的冷凍地點分為凍干合一型和凍干分離型。凍干合一型是指物料的冷凍和干燥均在凍干箱內進行，凍干箱內的擱板里既能制冷又能加熱，被凍干物料放在擱板上，主要依靠傳導進行預凍和加熱，輻射傳熱是次要的。醫藥用凍干機多為凍干合一型，目的是保持物料清潔衛生，防止污染。凍干分離型是指預凍在冷庫、速凍機或液態容器里進行，干燥時再將預凍好的物料移到干燥箱(倉)內，目的是節約能源，節省干燥時間，提高生產效率，降低產品成本，這種凍干機以輻射加熱為主，多適用于食品凍干機。
按冷凍方式可分為靜態冷凍(static freezing)、動態冷凍(dynamic freezing)、離心冷凍(centrifugal freezing)、滾動冷凍(shellfreezing)、旋轉冷凍(spin freezing)、噴霧冷凍(spr。ay freezing)、氣流冷凍(airblast freezing)等。具體選用何種冷凍方式，應該根據物料性質和冷凍干燥工藝要求而定。
按捕水器(水氣凝結器)安放的位置，分為內置式和外置式兩種。內置式的捕水器安放在凍干箱內，可放在凍干箱擱板的兩側、下部或后部。內置式冷凍干燥機節省占地面積，被抽氣體到捕水器去的阻力小，省去了干燥箱與捕水器之間的連接管道和閥門，經濟性好。但內置式捕水器與擱板之間距離較近，影響擱板加熱的均勻性，容易出現熱橋，影響捕水器捕水特性，還有些內置式捕水器化霜時需要停止工作，影響了生產周期和生產效率。外置式捕水器安放在凍干箱外，需要一個獨立外殼，用管道和閥門將凍干箱和捕水器連接起來，其優缺點與內置式剛好相反。
按所采用的真空系統，分水蒸氣噴射泵型和捕水器加機械泵型兩種。水蒸氣噴射泵真空系統不用捕水器，能直接大量抽出水蒸氣，抽氣量大、效率高，抽氣量可以控制，但需要 水蒸氣作為動力，鍋爐產生水蒸氣的壓力容易波動，影響泵的性能，燒鍋爐容易造成環境污染，因此只有少量食品采用這種系統。捕水器加機械泵系統中需要為捕水器配置一套制冷系統。一般單級壓縮機的制冷系統，蒸發器表面最低溫度為-35℃；雙級壓縮機的制冷系統可達到-50℃；復疊式壓縮機制冷系統能達到-80℃。根據真空度的需要，在捕水器前面可配置羅茨泵加水環泵機組、羅茨滑閥泵機組、羅茨旋片泵機組，或者只配置能直排大氣的各種機械真空泵。
按凍干箱內擱板上的加熱方式分為直接加熱和間接加熱兩種。直接加熱是用電或各種載熱媒體直接加熱擱板，加熱速度快，節約能源，但容易造成擱板溫度不均勻、難控制。間接加熱需要有換熱器，熱媒經換熱器被加熱之后再用泵打入擱板進行循環加熱，其優缺點與直接加熱式剛好相反。
按加熱所采用的工質，分油、水、水蒸氣加熱以及電加熱幾種。油的價格高，載熱量少，循環量大；水在擱板流道內容易結垢，降低通道截面積，影響換熱效果；水蒸氣的溫度和壓力不好控制；電加熱擱板溫度均勻性不好。因此，近年來各廠都配制各種適合于制冷和加熱兩用的冷熱媒工質，如乙二醇、Rll等。 ⑨按生產方式分連續式和間歇(周期)式兩種。連續式凍干機造價高，生產量大，適合于單一品種物料大規模生產；間歇式凍干機的優缺點與連續式剛好相反。